Der Arzt als Selbstständiger darf alle Aufwendungen, die beruflich veranlasst sind, als Betriebsausgaben in seiner Steuererklärung abziehen. Einer der größten Sammelposten sind hier die beruflichen Arbeitsmittel. Dazu zählt im Prinzip alles, was der Praxisinhaber und seine Arbeitnehmer täglich für ihre Tätigkeit benötigen wie alle Büromaterialien, Computer und andere elektronische Geräte, Einrichtungsgegenstände und die Ausstattung der Praxis. Hinzu kommen die Personalkosten für medizinische Fachangestellte, Schreibkräfte oder Weiterbildungsassistenten und die Raumkosten für die Praxis. Dazu zählen neben der Miete die Heizkosten, Strom, Ausgaben für Renovierung oder Reparaturen sowie die Reinigung.
Lediglich eine Kaution, die man zu Beginn des Mietverhältnisses leistet, kann man steuerlich nicht geltend machen, da diese nach Ende des Mietverhältnisses zurückgezahlt wird.
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Das ist aber noch nicht alles. Die Kosten für den Steuerberater oder auch für eine Rechtsberatung zählen ebenfalls zu den abzugsfähigen Aufwendungen. Hinzu kommen Dienstleistungen wie die Pflege der Webseite durch einen Webdesigner oder das Sortieren der Belege durch eine selbstständige Buchhalterin. Schuldzinsen für ein Darlehen können dann als Betriebsausgaben angesetzt werden, wenn der dazugehörige Kredit betrieblich veranlasst war. Kosten für ärztliche Fortbildung, aber auch für die Weiterbildung der Arbeitnehmer in der Praxis gelten steuerlich als Werbungskosten. Kraftfahrzeugkosten und andere Fahrtkosten sind grundsätzlich als Betriebsausgaben abziehbar, reine Kfz-Kosten immer dann, wenn das Auto zum Betriebsvermögen gehört.
Auch die Lohnsteuer für die Festangestellten und pauschal für Aushilfskräfte zu zahlende Lohnsteuer sowie Sozialversicherungsbeiträge, die Umsatzsteuer, Kfz-Steuer und die Grundsteuer für ein betrieblich genutztes Grundstück kann man als Betriebsausgaben in der Einnahmen-Überschuss-Rechnung angeben. Lediglich die Einkommensteuer ist Privatsache und nicht als Betriebsausgabe abzugsfähig.
