Die Arzneimittelkommission der deutschen Ärzteschaft (AkdÄ) rät, Octenisept® nur oberflächlich mittels Tupfer oder Aufsprühen aufzutragen. Denn bei Spülung tiefer Wunden könne es zu schweren toxischen Gewebeschäden kommen, zeigten Meldungen der UAW-Datenbank der AkdÄ. In einigen Fällen hätten solche Spülungen vor allem bei Kindern zu bleibenden Schäden und Funktionseinschränkungen geführt. Auch dürfe das Präparat nicht in die Tiefe des Gewebes gespritzt werden.
Um akute tiefe und verschmutzte Wunden zu behandeln, empfiehlt die AkdÄ ein chirurgisches Débridement. Danach sei in der Regel auch keine zusätzliche Spülung nötig. Wenn dennoch eine Reinigung anstehe, soll dafür NaCl 0,9 Prozent oder Polyhexanid-haltige Lösungen verwendet werden. In einigen Fällen sei eine prophylaktische Antibiotikatherapie indiziert, etwa bei Verdacht auf eine nekrotisierende Fasziitis oder bei erhöhter Infektionsgefahr wegen starker Verschmutzung, bei Crushverletzungen oder Abwehrminderung des betroffenen Patienten.